В плате SKR 2 Rev B описанная проблема устранена и она может использоваться с драйверами TMC без каких-либо модификаций. Чтобы определить, какая у вас плата Rev A или Rev B, найдите на своей плате белую круглую наклейку с надписью «QC pass xx». Если такой наклейки нет, или есть только зеленая, значит у вас плата Rev A.
В официальных документах написано несколько иное.
Слева Rev A, справа Rev B


Согласно схеме в цепь защиты от обратного подключения драйверов должен быть установлен MOSFET HY1904C2. Сектор C1 схемы.
На плате Rev A вместо него установлен схожий (как оказалось не совсем) по характеристикам G090N06.

Important announcement for all SKR 2 buyers and users
How to use TMC drivers on BIGTREETECH SKR
Решение проблемы