Это можно исправить на верстаке "Part" через меню "деталь" -> "закрепить фигуру". Но это создает новое твердое тело без зависимостей от всех предыдущих операций. Т.е. если изменить что-то в дереве построения сделанное ранее то эти изменения никак не отразятся на закрепленной детали. И вот смотрел в ютубе уроки по FreeCAD и попалось на глаза как это вылечить. Как оказалось всё уже придумано до нас и надо было только прочитать инструкцию
Эти настройки после любых операций автоматически проверяют "лишние" ребра, убирают их и целостность дерева построения не теряется.
